La chiesa di Santa Maria degli Angeli è stata fondata, insieme al convento, dall’ordine francescano dei Cappuccini verso la fine del XVI secolo.
Il convento dei Cappuccini, che ospitò numerose personalità ecclesiastiche, fu sede del Capitolo provinciale dell’Ordine che si celebrò nel 1636. E qui che è stato sepolto il cardinale Antonio Ruffo.
I religiosi, in quel tempo, vivevano con le elemosine della popolazione e le donazioni delle famiglie nobili e soprattutto dei duchi Ruffo di Bagnara.
Dopo il terremoto del 1783 il convento dei Cappuccini fu soppresso e molti dei beni derubati e scomparsi. Nel 1796 fu ricostruito il convento e la chiesa S. Maria degli Angeli e i Cappuccini ritornarono nella loro vecchia sede dove, tra alterne fortune, restarono fino al 1863, anno in cui lasciarono definitivamente Bagnara.
Con la partenza dei Cappuccini, la selva, il giardino e gli orti del convento furono venduti mentre il convento rimase a disposizione del Comune che l'adibì ad ospedale durante l'epidemia di colera del 1867. Il 24 maggio 1900 l'ex convento fu donato all'istituto delle "Figlie di Maria Immacolata", fondato nel 1898 nella vicina Catona da suor Maria Brigida Postorino; tale istituto fu sede di un fiorente educandato e per tanti anni svolse un’importante opera educativa.
Il 16 novembre 1894 Bagnara fu interessata da un altro terremoto che danneggiò la chiesa.
La chiesa di S. Maria degli Angeli, oltre alla tomba del cardinale Antonio Ruffo, conservava 4 artistici quadri: uno della Madonna degli Angeli, l’altro dell’Immacolata, il terzo di S. Francesco d’Assisi e il quarto di S. Giuseppe di Lionessa. Di questi quadri è rimasto
solo il primo, restaurato recentemente da un artista greco, ed oggi esposto nella nuova chiesa.
Dopo il terremoto del 1908, fu costruita la chiesa-baracca sui ruderi dell'antica chiesa come sistemazione provvisoria del luogo di culto. Questa fu utilizzata per diversi decenni e, resa inagibile dal tempo, fu chiusa al culto con decreto del 17 ottobre 1955 e la sede parrocchiale fu trasferita nella chiesa di S. Nicola.